Centrum Badań Systemów Człowiek-Środowisko prowadzi badania naukowe w sześciu zespołach badawczych:

• UŻYTKOWANIE GRUNTÓW A RÓŻNORODNOŚĆ BIOLOGICZNA
• KULTUROWE USŁUGI EKOSYSTEMOWE
• EROZJA GLEB
• SEKWESTRACJA WĘGLA W GLEBACH EKOSYSTEMÓW GÓRSKICH
• PROCESY SPOŁECZNE W MIASTACH I REZYLIENCJA MIEJSKA
• MARNOTRAWSTWO ŻYWNOŚCI

Centrum Badań Systemów Człowiek-Środowisko zawarło porozumienie o współpracy z następujacymi instytucjami:

• Global Change Research Institute of the Czech Academy of Sciences, Brno, Czechy
• The Caucasus Network for Sustainable Development of Mountain Regions, Tbilisi, Gruzja
• Secretariat of the Framework Convention on the Protection and Sustainable Development of the Carpathians
• Faculty of Science KU Leuven, Belgia
• Instytutem Ochrony Środowiska Polskiej Akademii Nauk w Krakowie
• Department of Geoinformatics – Z_GIS Paris Lodron University Salzburg, Salzburg, Austria
• Institute of Biology Bucharest, Romanian Academy, Bucharest, Romania