Jednym z celów Centrum Badań Systemów Człowiek-Środowisko jest kreowanie i proponowanie zmian w uniwersyteckich programach kształcenia, m.in. poprzez:

• integrację centrum doskonałości z programami szkół doktorskich prowadzonymi na Wydziale Geografii i Geologii UJ oraz przygotowanie długoterminowych ram dla wspólnych programów doktoranckich w ramach konsorcjum i poza nim, stwarzanie możliwości rozwijania szerokich i głębokich umiejętności (ang. T-shaped skills), czyli szerokiego rozumienia zagadnień systemów człowiek-środowisko połączonego z głęboką specjalizacją w danej dziedzinie,
• przygotowanie ram dla zorientowanych na badania programów magisterskich w języku angielskim (tzw. Research Master), przyciągających ambitnych studentów zagranicznych i zwiększających zaangażowanie studentów w projekty badawcze, w celu przyciągnięcia studentów zorientowanych na karierę naukową i zapewnienia perspektywicznych kandydatów na studia doktoranckie.